Между судьбой Иешуа и страдальческой жизнью Мастера видна явная параллель. Связь между историческими главами и главами о современности усиливает философские и нравственные идеи романа.

В реальном плане повествования Булгаков изобразил жизнь советских людей в 20–30-х годах ХХ века, показал Москву, литературную среду, представителей разных сословий. Центральными персонажами здесь являются Мастер и Маргарита, а также московские литераторы на службе у государства. Основная проблема, волнующая автора, — взаимоотношения художника и власти, личности и общества.

Образ Мастера имеет много автобиографических черт, но знак равенства между ним и Булгаковым ставить нельзя. В жизни Мастера в художественной форме отражены трагические моменты судьбы самого писателя. Мастер — бывший безвестный историк, отказавшийся от собственной фамилии, «как и вообще от всего в жизни», «не имел нигде родных и почти не имел знакомых в Москве». Он живет, погруженный в творчество, в осмысление идей своего романа. Его как писателя волнуют вечные, общечеловеческие проблемы, вопросы смысла жизни, роли художника в обществе.

Само слово «мастер» приобретает символическое значение. Судьба его трагична. Он серьезный, глубокий, талантливый человек, существующий в условиях тоталитарного режима. Мастер, как и Фауст И. Гете, одержим жаждой познания и поиском истины. Свободно ориентируясь в древних пластах истории, он ищет в них вечные законы, по которым строится общество людей. Ради познания истины Фауст продает душу дьяволу, а Мастер у Булгакова знакомится с Воландом и уходит с ним из этого несовершенного мира.

У Мастера и Иешуа есть схожие черты и убеждения. Писатель отвел этим персонажам немного места в общей структуре романа, но по своему значению эти образы наиболее важны. Оба мыслителя не имеют крыши над головой, отвергнуты обществом, оба преданы, арестованы и, невинные, уничтожены. Их вина в неподкупности, чувстве собственного достоинства, преданности идеалам, глубоком сочувствии к людям. Эти образы взаимно дополняют, подпитывают друг друга. В то же время между ними есть различия. Мастер устал бороться с системой за свой роман, добровольно устранился, Иешуа же за свои убеждения идет на казнь. Иешуа полон любовью к людям, прощает всех, Мастер, напротив, ненавидит и не прощает своих гонителей.

Мастер исповедует не религиозную истину, а правду факта. Иешуа — трагический герой, созданный Мастером, гибель которого мыслится им как неизбежная. С горькой иронией автор представляет Мастера, который появляется в больничном халате и сам говорит Ивану, что он сумасшедший. Для писателя жить и не творить равнозначно смерти. Отчаявшись, Мастер сжег свой роман, вот почему «он не заслужил света, он заслужил покой». Роднит героев еще одна общая черта: они не чувствуют, кто их предаст. Иешуа не догадывается, что Иуда предал его, но предчувствует, что с этим человеком случится несчастье. 

Странно, что замкнутый, недоверчивый по характеру Мастер сходится с Алоизием Могарычом. Более того, уже находясь в сумасшедшем доме, Мастер «до сих пор» «скучает» по Алоизию. Алоизий «покорил» его «своею страстью к литературе». «Он не успокоился до тех пор, пока не упросил» Мастера прочесть ему «роман весь от корки до корки, причем о романе он отозвался очень лестно…». Позже Алоизий, «прочитав статью Латунского о романе», «написал на Мастера жалобу с сообщением о том, что он хранит у себя нелегальную литературу». Целью предательства для Иуды были деньги, для Алоизия — квартира Мастера. Не случайно Воланд утверждает, что страсть к наживе определяет поведение людей.

Иешуа и Мастер имеют каждый по одному ученику. Иешуа Га-Ноцри — Левия Матвея, Мастер — Ивана Николаевича Понырева. Ученики сначала были очень далеки от позиции своих учителей, Левий был сборщиком податей, Понырев — малоодаренным поэтом. Левий поверил, что Иешуа — воплощение Истины. Понырев постарался все забыть и стал обычным служащим.

Создав своих героев, Булгаков прослеживает изменение психологии людей на протяжении многих веков. Мастер, этот современный праведник, уже не может быть таким искренним и чистым, как Иешуа. Понтий понимает несправедливость своего решения и чувствует вину, а гонители Мастера уверенно торжествуют.